Acunetix 可以與 AntiVirus 引擎一起檢查您網站上的惡意軟件。使用的默認引擎是 Windows Defender AntiVirus 服務（例如 Windows 8 和 Windows 10）。作為替代方案，Acunetix 還可以與 ClamAV 搭配，ClamAV是一種常見的開源防病毒產品。
在您的作業系統安裝惡意軟體掃描軟體
首先須在您 Acunetix 的機器上安裝惡意軟體掃描軟體：
執行惡意軟件掃描
- 準備您的測試網站 – 請參閱下面標題為“準備測試（概念驗證）網站子文件夾”
- 為測試掃描網站建立 Acunetix Target 並點擊 “Save” 按鈕：
- 您將回被帶到建立掃描的頁面：
- 點擊 “Scan” 按鈕
- 將 “Scan Type” 欄位選為 “Malware Scan”：
- 點擊 “Create Scan” 按鈕，然後等待掃描完成：
- 此次掃描結果將顯示透過 Windows Defender 或 ClamAV 的惡意掃描結果；如果有找到惡意軟體的話將顯示”已識別的惡意軟體”。
準備測試（概念驗證）網站子文件夾
在這個範例中我們假設在 Ubuntu 18.04.3 中默認安裝 Apache，且可通過 http://mytestsite/malware/ 訪問測試網站，這將成為我們此次 Acunetix Target 的掃描測試。
步驟 1：準備範例網站。在這個範例中，可以透過 /var/www/html/malware/index.html 訪問這個單一頁面：<html>
<head></head>
<body>
<h2>Testing Malware Scan”</h2><br />
<a href=”./eicar.com.txt”>Test file: eicar.com.txt</a><br />
</body>
</html>
步驟 2：將從這裡下載的 “eicar.com.txt” 惡意軟體測試檔案複製到 /var/www/html/malware/。